河川やダム、沿岸域に生息している魚類の種類、生息量を調査して、その水域の特徴の把握や生態系保全の配慮事項の提案を行います。調査は潜水観察、漁具による捕獲など、調査対象にあわせてさまざまな方法を組み合わせて行います。
また、水産重要種、希少種、外来種等の生息数や生態（分布、産卵場所、食性など）を調査し、その保全・駆除対策を提案します。

【主な調査実績】
・魚類の生息状況調査（河川水辺の国勢調査）
・アユ生態調査

（産卵・流下期、海域生活期、遡上期、河川定着期での各種調査、陸封アユを含む）
・ 水産資源調査（アユ、ウナギ、テナガエビ類、モクズガニ、ガザミ類など）
・希少水生生物生態調査

（シオマネキ、ハクセンシオマネキ、ハマガニ、アカテガニなど）
・外来水生生物の生息実態調査（オオクチバス、ブルーギル）
・各種事業による水生動物への影響調査
・水生生物保全対策の効果判定調査
・ 漁業振興計画の策定